1985년 ‘사학연금지’가 근대사학 백돌을 맞이하여 근대사학 100년 동안에 사학인 중의 사학인으로 귀감이 될 사학 설립자로 선정한 13인 중의 한 분인 본교 설립자 상허 유석창 박사는 일제 말기에 기미 33인을 중심으로 언론계,종교계 등 사회 각층의 대표 45인의 합의와 발기 하에, 대중구료사업 및 보건운동을 위한 사단법인 민중병원을 창설(1931년 5월 12일) 경영하여 오던 중, 뜻한 바 있어 1946년 5월 15일 오성학교 교사 395평(현 낙원동 건국빌딩)의 건물과 대지 667평, 전,답,임야 등 263,480평을 기본재산으로 조선 정치학 관을 설립하였다.

그 후 토지와 임야를 확장하고 학교 운영에 심혈을 기울여 1948년 5월에는 재단법인 조선정치학원과 조선정치대학관의 설립을 보게 되었으며, 1949년 9월에 재단법인 정치학원과 정치대학의 승격을 보게 되었다.

1955년에는 서울 광진구 모진동에 70만평의 캠퍼스를 마련하고, 1959년 2월에 재단법인 건국대학원과 종합대학인 건국대학교를 설립하였다.

1963년 6월 사립학교법이 제정·공포됨에 따라, 재단법인을 학교법인으로 조직 변경하여, 현재 180여만 평의 교지를 확보하고 6개 수입사업체를 두고 있으며 15개의 대학원(대학원, 건축전문대학원, 법학전문대학원, 경영전문대학원, 의학전문대학원, 행정대학원, 교육대학원, 산업대학원, 경영대학원, 농축대학원, 언론홍보대학원, 정보통신대학원, 디자인대학원, 부동산대학원, 사회과학대학원)과 22개의 단과대학 (문과대학, 이과대학, 건축대학, 공과대학, 정보통신대학, 정치대학, 법과대학, 상경대학, 경영대학, 동물생명과학대학, 생명환경과학대학, 수의과대학, 예술문화대학, 사범대학, 본부대학, 인문과학대학, 사회과학대학, 자연과학대학, 디자인조형대학, 의과대학, 의료생명대학, 미래대학)으로 구성된 건국대학교와 사범대학 부속 중·고등학교를 유지, 경영하기에 이른 것이다.

농축수의과학대학원은 농ㆍ축산ㆍ수의분야의 우수한 CEO 및 전문가를 양성하기 위하여 설립되었으며 교육내용은 경제작물재배 및 이용기술과 축산물의 생산, 가공, 수의위생, 임상수의, 경영, 정책면에서 보다 깊은 학문과 연구를 통하여 고도의 능력을 가진 전문경영자를 양성할 목적으로 1984년 11월 27일 6개 학과 13개 전공에 정원 60명으로 설립되었다. 2026년 3월 1일 농축대학원과 수의방역대학원이 농축수의과학대학원으로 통합하여 7개 학과 8개 전공에 정원 138명이다.