건국대학교 박물관에서는 상설 전시실의 공간이 좁아 충분히 전시할 수 없는 여건을 보완하기 위해 일정한 기획에 따라 매년 특별기획전시회를 개최하고 있다.
2000년대
| 2022년 | 명불허전 |  |
|---|---|---|
| 2021년 | 공초 오상순과 명동 청동다방의 추억 | |
| 2020년 | 보기도 좋은 떡이 먹기도 좋다 | |
| 2016년 | 개교 70주년 특별기획전 | |
| 2015년 | 한민족 최고의 장기, 활·화살 전시 | |
| 2015년 | 바람에 띄우는 하늘편지, 연 전시 | |
| 2014년 | 건국대학교박물관 초대 한·일 바스켓트리교류전 | |
| 2014년 | 특별공개전시 조선의 보물을 만나다 | |
| 2012년 | 조선을 지켜낸 힘, 그 내면을 돌아보다 | |
| 2011년 | 제1회 건국대학교 박물관 사람들의 날 | |
| 2011년 | 사진으로 보는 건학(建學) 80년 | |
| 2009년 | 터키의 민속의상 | |
| 2007년 | 충북 영동 성산 배씨 문중 기증 16·17세기 출토복식 | |
| 2000년 | 상허(常虛) 유석창(劉錫昶)박사 유품 전시회 | |
1990년대
| 1998년 | 한국의 떡살 전시회 | |
|---|---|---|
| 1997년 | 한국의 민화 전시회 (건국대 충주캠퍼스) | |
| 1996년 | 개교 50주년기념 교사자료(校史資料) 전시회 | |
| 1995년 | 한국의 민화(民畵) 전시회 | |
| 1994년 | 발굴유물 전시회 | |
| 1993년 | 한국의 목공예(木工藝) 전시회 | |
| 1992년 | 한국의 토기, 와전(瓦塼 : 기와와 벽돌) 전시회 | |
| 1991년 | 한국의 도자기(陶瓷器) 전시회 | |
| 1990년 | 신수품(新收品) 전시회 |
1980년대
| 1989년 | 조선시대 간찰(簡札: 편지) 전시회 | |
|---|---|---|
| 1988년 | 전통 의약기(傳統 醫藥器) 전시회 | |
| 1987년 | 조선시대 문서(文書) 전시회 | |
| 1987년 | 조선시대 회화(繪畵) 전시회 | |
| 1986년 | 건국대학교 개교40주년 교사(校史)사진자료 전시회 | |
| 1980년 | 가평 이곡리 초기철기시대 유적 출토유물 전시회 |
1970년대
| 1977년 | 한국 현대 서화 전시회 | |
|---|---|---|
| 1986년 | 한중(韓中) 현대 서화(書畵) 전시회 |